Presentan características similares a las formadas del relieve. Así, la zona sur de colinas presenta suelos estrechos con drenajes impedidos y presencia de erosión reticular tipo tatuco. Hacia el norte en un paisaje de lomas encontramos suelos de textura media con incremento de arcilla, muy lavadas por efectos de la precipitación, lo que determina severos problemas de fertilidad, también encontramos un área de planicie aluvial, originada a partir del sistema deposicional de los ríos, relativamente reciente y sometida a inundaciones en temporadas de lluvias con fluctuaciones de masas de agua con drenaje imperfecto, siendo muy arcillosos. Hacia el noreste los suelos pantanosos presentan condiciones de mal drenaje, sobre drenaje y sobresaturación hídrica en la ciénagas de Juan Manuel de aguas claras y aguas negras, ubicada a la margen del lago. El material originado de los suelos es de origen aluvial transportado y depositado por el escurrimiento superficial que se dirige a la depresión tectónica del lago, presentando los suelos condiciones de sobresaturación hídrica.